2009年可谓中国新能源汽车联盟遍地开花的一年，北京新能源汽车产业联盟、重庆节能与新能源汽车产业联盟、吉林新能源汽车产业联盟等，分别依托当地的科研机构和汽车企业揭牌成立。然而，联盟相继成立的同时，各地新能源汽车研究机构也陆续被分割，像清华大学和北京理工大学成为北京新能源汽车发展的“大脑”，吉林大学、中科院长春应化所则成为吉林新能源汽车发展的“智囊团”。

有专家表示，在各地新能源汽车联盟分割的局势下，新能源汽车产业基地将逐渐走向单打独斗的状态，一方面各联盟和基地势必围绕当地主要汽车企业，而引进新能源项目时，更多考虑的是能否为该企业进行配套服务；另一方面，不同车企采用不同技术路线进行研发，地方保护行为则为技术交流平添了障碍，不利于资源共享和新能源汽车的整体发展。